Markus Wagner nasceu em 1989 em Augsburg. Concluiu o ensino secundário (Abitur) em 2007 e estudou Direito na Universidade de Augsburg, licenciando-se em 2011. Durante os seus estudos, trabalhou como assistente na Cátedra de Direito Penal e Processual Penal, Direito Penal Económico e Direito Penal Internacional sob a orientação do Professor Dr. Thomas Rotsch. Foi também bolseiro da Fundação Friedrich-Naumann para a Liberdade entre 2009 e 2011.
Em 2011, completou o Primeiro Exame Estatal em Direito e tornou-se assistente científico na mesma cátedra. Entre 2011 e 2016, trabalhou como investigador na Universidade Justus Liebig de Giessen, tendo recebido uma bolsa de doutoramento da Fundação Friedrich-Naumann. Obteve o grau de Doutor em Direito (Dr. iur.) em 2015 com uma dissertação sobre a natureza do direito penal económico, tendo ganho o Prémio da Sociedade de Estudos Jurídicos de Gießen e o Prémio WisteV em 2016.
Realizou o estágio jurídico em 2016 e obteve o Segundo Exame Estatal. Entre 2017 e 2022, exerceu funções como Conselheiro Académico na Universidade Justus Liebig de Giessen. Em 2021, representou a Cátedra de Direito Penal na Universidade de Leipzig. Em 2022, obteve a habilitação na Universidade Justus Liebig com uma tese sobre os crimes de omissão, recebendo a qualificação para lecionar Direito Penal, Direito Processual Penal, Direito Penal Económico e Direito Penal Internacional.
De abril a setembro de 2022, representou a Cátedra de Direito Penal na Universidade Philipps de Marburg. Desde outubro de 2022, ocupa a Cátedra de Direito Penal e Processual Penal na Universidade Rheinische Friedrich-Wilhelms de Bonn.
